В целях повышения качества и эффективности системы управления вузом в 2005 году в ПГУ им. С. Торайгырова внедрена система менеджмента качества.
В соответствии с решением Ассоциации по сертификации «Русский Регистр» (г. Санкт-Петербург) и Международной сети по сертификации «IQNet» от 23 января 2006 года университету выдан сертификат соответствия системы менеджмента качества Международному стандарту ИСО 9001:2000 в отношении образовательной деятельности по подготовке кадров с высшим профессиональным образованием (бакалавр, специалист), в соответствии с государственными общеобязательными стандартами высшего профессионального образования по специальностям и направлениям в соответствии с областью лицензирования и государственной аккредитацией за № 06.022.026.
В связи с истечением срока действия сертификата и на основании возобновляемой проверки системы менеджмента качества Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» от 23 января 2009 года университету выдан сертификат соответствия системы менеджмента качества Международному стандарту ИСО 9001:2000 в отношении разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовке кадров по программам высшего профессионального образования, послевузовского образования и дополнительного профессионального образования согласно государственным общеобязательным стандартам образования по группам специальностей в соответствии с областью лицензирования за № 09.049.026.
С выходом в 2008 году новой версии международного стандарта ИСО 9001:2008 «Системы менеджмента качества. Требования» и на основании инспекционной проверки системы менеджмента качества Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» от 10 марта 2010 года университету выдан сертификат соответствия системы менеджмента качества Международному стандарту ИСО 9001:2008 в отношении разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовке кадров по программам высшего профессионального образования, послевузовского образования и дополнительного профессионального образования согласно государственным общеобязательным стандартам образования по группам специальностей в соответствии с областью лицензирования за № 09.049.026.
В связи с окончанием срока действия сертификата и на основании результатов инспекционного аудита Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» 23 января 2012 года выданы сертификаты соответствия системы менеджмента требованиям международного стандарта ИСО 9001:2008 в отношении научно-исследовательской деятельности, разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовки кадров по программам высшего профессионального образования, послевузовского образования и дополнительного профессионального образования согласно государственным общеобязательным стандартам образования по группам специальностей в соответствии с областью лицензирования за № 12.0005.26, тем самым была расширена область сертификации системы менеджмента качества на научно-исследовательскую деятельность.
В связи с изменением формы собственности Павлодарского государственного университета имени С. Торайгырова и на основании результатов инспекционного аудита Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» 22 января 2013 года были выданы (переоформлены) сертификаты соответствия системы менеджмента требованиям международного стандарта ИСО 9001:2008 в отношении научно-исследовательской деятельности, разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовки кадров по программам высшего профессионального образования, послевузовского образования и дополнительного профессионального образования согласно государственным общеобязательным стандартам образования по группам специальностей в соответствии с областью лицензирования за № 12.0005.26.
В связи с окончанием срока действия сертификатов соответствия и на основании результатов инспекционного аудита Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» 23 января 2015 года выданы сертификаты соответствия системы менеджмента требованиям международного стандарта ИСО 9001:2008 в отношении научно-исследовательской деятельности, разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовки кадров по программам высшего профессионального и послевузовского образования согласно государственным общеобязательным стандартам образования по группам специальностей в соответствии с областью лицензирования за № 15.0046.026.
С выходом в 2015 году новой версии международного стандарта ИСО 9001:2015 «Системы менеджмента качества. Требования» и на основании ресертификации проверки системы менеджмента качества Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» и Международной сетью по сертификации «IQNet» от 18 января 2018 года университету выдан сертификат соответствия системы менеджмента качества Международному стандарту ИСО 9001:2015 в отношении научно-исследовательской деятельности, разработки и оказания услуг образовательной деятельности по подготовке кадров по программам высшего и послевузовского образования согласно государственному общеобязательному стандарту высшего и послевузовского образования в соответствии с областью лицензирования за №:18.0084.026.
За период функционирования системы менеджмента качества определена   миссия Торайгыров университета разработаны и приняты:
- цели в области качества Торайгыров университета до 2029 года;
- документированные процедуры;
- документы системы менеджмента качества структурных подразделений (положения о структурных подразделениях, должностные инструкции, учебно-методические комплексы и другие).